Her besinde olduğu gibi domatesin de bilinçsiz tüketimi, çeşitli sağlık sorunlarına davetiye çıkarabiliyor.
Uzmanlar, özellikle aç karnına ve çiğ olarak tüketilen domatesin insan sağlığı için oldukça tehlikeli sonuçlar doğurabileceğini belirtiyor. Domatesin içerdiği doğal şeker, şeker hastalarının kan şekerini olumsuz etkileyebilir. Aşırı domates tüketimi sindirim problemlerine sebep olabilir. Domatesin asitli yapısı mide asitlerinin dengesini bozabilir ve mide yanması hissi oluşturabilir. Eklemlerde kalsiyum oluşturan bir alkaloid birikimi olan solanin, fazla domates tüketimiyle birlikte eklemlerde ağrıya ve yapısında değişikliklere neden olabilir. Domatesin yüksek oksalat minerali içeriği böbrek taşı oluşumuna katkıda bulunabilir. Potasyum açısından zengin olan domates, ilerlemiş kronik böbrek hastalığı olan kişiler için sınırlı olarak tüketilmelidir. Aşırı domates tüketimi likopenodermi adı verilen cilt lekelerine yol açabilir. İrritabl bağırsak sendromu olanlar fazla domates tüketiminden sonra sindirim sorunları yaşayabilirler. Domatesin asitli yapısı mesaneyi tahriş edebilir ve idrara çıkma sıklığını artırabilir. Bebeklere ek gıda sürecinde kesinlikle domates verilmemelidir. Domates alerjisi olan bebeklerde tahriş ve kızarıklığa neden olabilen histamin adlı madde bulunur. Domates çekirdeğinde bulunan likopenler erkeklerin üreme sağlığını olumsuz etkileyebilir.
